Grund- und Hauptschulen
St.-Michael-Schule - Kathol. Freie Grundschule Neu-Ulm
Franz-von-Assisi-Schule - Kathol. Freie Volksschule Augsburg
(dem Schulwerk verwaltungsmäßig zugeordnet)
Gymnasien
Gymnasium Maria Stern Augsburg
Maria-Ward-Gymnasium Augsburg
Marianum Buxheim Gymnasium
St.-Bonaventura-Gymnasium Dillingen
Maria-Ward-Gymnasium Günzburg
Kolleg der Schulbrüder Illertissen Gymnasium
Marien-Gymnasium Kaufbeuren
Maristenkolleg Mindelheim Gymnasium
Rhabanus-Maurus-Gymnasium St. Ottilien
St.-Thomas-Gymnasium Wettenhausen
Realschulen
Realschule St. Ursula Augsburg
Maria-Ward-Realschule Augsburg
Realschule Maria Stern Augsburg
Liebfrauenschule Dießen Mädchenrealschule
St.-Bonaventura-Realschule Dillingen
Knabenrealschule Heilig Kreuz Donauwörth
Mädchenrealschule St. Ursula Donauwörth
Maria-Ward-Realschule Günzburg
Johannes-von-La Salle-Realschule Illertissen
Mädchenrealschule Maria Stern Immenstadt
Marien-Realschule Kaufbeuren
Maria-Ward-Schule Kempten Mädchenrealschule
Maria-Ward-Schule Kempten, Außenstelle Lenzfried
(ehemals Mädchenrealschule der Armen Schulschwestern v. U. Lb. Frau)
Maria-Ward-Schule Lindau Mädchenrealschule
Maria-Ward-Realschule Mindelheim
Maristenkolleg Mindelheim Realschule
Maria-Ward-Schule Neuburg a. d. Donau Mädchenrealschule
Realschule Maria Stern Nördlingen
Maria-Ward-Realschule Schrobenhausen
Benedictus-Realschule Tutzing
Maria-Ward-Realschule Wallerstein
Fachakademien und Berufsfachschulen
Fachakademie für Sozialpädagogik Maria Stern Augsburg
Fachakademie für Sozialpädagogik Dillingen
Fachakademie für Sozialpädagogik der Christlichen Jugendhilfe Kempten (Allgäu)
Fachakademie für Sozialpädagogik Marienheim Lindau
Berufsfachschule für Kinderpflege Marienheim Lindau
Fachakademie für Sozialpädagogik Maria Stern Nördlingen
Berufsfachschule für Hauswirtschaft Maria Stern Augsburg
Weitere vom Schulwerk betreute Einrichtungen
Augsburger Domsingknaben
